از آنچه پیرامون جزئیات درگذشت آیت‌الله هاشمی منتشر شده است، اینگونه برمی‌آید که آن مرحوم در استخر کوشک مجموعه سعدآباد دچار عارضه قلبی شده و زمانی که به بیمارستان رسیده، تلاش پزشکان بی‌نتیجه بوده و گویی پیش از انتقال به بیمارستان شهدای تجریش، درگذشته است.
تنها مرجع قانونی تشخیص علت مرگ، پزشکی قانونی است اما جسد آیت‌الله به پزشکی قانونی ارجاع نشده و ظاهرا گواهی فوت و جواز دفن در همان بیمارستان صادر شده است. البته این احتمال هم وجود دارد که پزشک کشیک قانونی، در بیمارستان حضور یافته و طبق دستور بازپرس، گواهی فوت و جواز دفن را صادر کرده باشد اما آنچه به صورت قطعی مشخص است، این است که جسد آیت‌الله هاشمی رفسنجانی مورد کالبدگشایی قرار نگرفته و صحیح و سالم به خاک سپرده شده است.
طبق دستورالعمل سازمان پزشکی قانونی، مرگ حین و متعاقب عملیات ورزشی از موارد ۱۹ گانه‌ای است که در صورت وقوع، الزاما متوفی باید به پزشکی قانونی منتقل شود اما در کنار این مورد، شرایطی برای عدم الزام ارجاع جسد به پزشکی قانونی مقرر شده است که عبارتند از:
الف – هویت متوفی مشخص (شناس) باشد.
ب – با بررسی موضوع و معاینه جسد برای پزشک مسجل شود که مرگ وی با علل طبیعی بوده است.
ج- بستگان تقاضای صدور جواز دفن را داشته و شکایتی در ارتباط با فوت وی نداشته باشند.
د- مرگ وی مشمول موارد ارجاع به پزشکی قانونی نباشد.
نکته‌ای که باید روشن شود این است که آیا برای عدم ارجاع جسد به پزشکی قانونی باید همه این شرایط وجود داشته باشد یا وجود یکی از شروط نیز برای عدم انتقال جسد به پزشکی قانونی و صدور جواز دفن خارج از این مرجع، کافی است. قدر متیقن در مورد آیت‌الله هاشمی رفسنجانی این است که دو شرط از شرایط بالا در مورد آن مرحوم وجود داشته است یعنی اولا هویت متوفی مشخص بوده و ثانیا بستگان بدون اعلام شکایت، خواهان صدور جواز دفن بوده‌اند.
با این حال، مقامات دادستانی تهران از جمله بازپرس محترمی که شامگاه ۱۹ دی به عنوان بازپرس ویژه قتل تهران در وقت کشیک بوده است می‌تواند در این زمینه توضیحات دقیق‌تری ارائه کند که آیا اساسا تماسی با ایشان از بیمارستان برقرار شده یا نیازی به تماس نبوده و بر اساس پروتکل‌های موجود در زمینه گزارش موارد فوتی، بیمارستان می‌توانسته رأسا اقدام به صدور گواهی فوت و جواز دفن کند.
نظرات کاربران